党群部门 △党委办公室、发展委员会办公室（挂牌保密委员会办公室，重点工作督察办公室挂靠） △党委组织部、党校（综合考核办公室挂靠） △党委统战部、社会主义学院 △党委教师工作部（与人力资源处合署） △纪委办公室、巡察工作办公室（监督检查处、审查调查处挂靠） △党委学生工作部、党委人民武装部（与学生工作处合署） △党委研究生工作部（与研究生院合署）、研究生党工委 △党委保卫部（与保卫处合署） △工会 △团委（大学生艺术教育中心挂靠） △后勤保障党工委 △离退休党工委（与离退休工作处合署）
| 行政部门 △校长办公室、法制办公室【档案馆（校史馆）挂靠】 △发展规划处（挂牌党委发展规划部） △学科建设处（国家中医药管理局重点学科建设办公室挂靠） △教务处（与教学基地办公室合署）（实验教学管理中心、教师教学发展中心挂靠） △学生工作处（大学生劳动教育指导中心挂靠） △科学技术处（学报编辑部、实验动物中心挂靠，挂牌社会科学研究管理办公室、技术转移中心） △研究生院（挂牌学位评定委员会办公室） △国际合作与交流处（与国际教育学院合署）（挂牌世界卫生组织传统医学合作中心、国际针灸培训中心、台港澳事务办公室、台港澳教育中心） △继续教育处（与继续教育学院合署） △财务处 △审计处 △实验室与设备管理处（科技实验中心挂靠）
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教学科研单位 △中医学院 △药学院【绿色智能制药工程学院（卓越工程师学院）挂靠，挂牌新中药学院】 △医学院 △针灸推拿学院·养生康复学院（挂牌丰盛健康学院） △护理学院 △养老服务与管理学院（挂牌养老产业学院） △卫生经济管理学院（挂牌先声商学院） △国际教育学院（与国际合作与交流处合署） △继续教育学院（与继续教育处合署） △体育部 △淡安书院 △中医药文献研究院（与江苏省中医流派研究院合署） △养老服务与管理研究院【挂牌江苏省养老服务管理研究院（筹）】 △中药制药过程控制与智能制造技术全国重点实验室 △全科医学院（设在泰州校区） △智能制药与工程学院（设在泰州校区） △医药经贸学院（设在泰州校区）
| 临床医学院 △第二临床医学院 △第三临床医学院 △鼓楼临床医学院
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直属单位 △图书馆（与博物馆合署）（挂牌江苏省中医药博物馆）
| 附属单位和独立学院 （一）附属医院 △附属医院（江苏省中医院） △第二附属医院（江苏省第二中医院） （略）
（二）附属药企 △附属康缘药业（江苏康缘药业股份有限公司） △附属苏中药业（江苏苏中药业集团股份有限公司） △附属位元堂药业（香港位元堂药业控股有限公司）
（三）独立学院 △翰林学院
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